1、使用范围的不同：
生化棉：生化棉是一种使用范围很广的滤材，主要起到生化过滤的效果。适用于海水缸、淡水缸和水草缸等观赏类水族箱。
过滤棉：过滤棉产品一般用于表面涂装行业，专门为喷漆室末端过滤而设计，由抗断裂的合成纤维构成的高性能热熔法无纺布加工而成，采取递增的结构，就是往纯凈空气方向的纤维密度逐渐增大，过滤效率也增大，使用寿命更长。
2、过滤作用上的不同：
生化棉：用于培养硝化细菌，让硝化菌分解水中有毒的NH₃/NH₄和NO₂，转化成无毒的NO₃。因此可以改善水质，提高鱼类成活率。
过滤棉：用过滤棉将粉尘过滤掉，只让洁凈的空气在相对封闭的空间里循环起来，从而达到生产运行的需要。
3、成分材料上的不同：
生化棉：利用聚醚，聚酯发泡制作而成，具有孔大、疏松的特点。
过滤棉：合成纤维、聚酯纤维、玻璃纤维等制成，具有孔小、紧密的特点。
